妹妹公主第一季男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想着胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了。于是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－Promised Island...... 航本来万分不愿意，但因毫无选择，只好出发，到了岛上，发现处处透着古怪，除了不断看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身边出现外，最骇人听闻的是，十二位美丽可爱的女孩，先后出现，还自认是航的妹妹！就是这样，航就在这岛上，和十二个不同性格的“妹妹”住在一起，揭开他人生中最华丽的一页......同时，另一位叫真深的女孩，冒认是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住，借以监察航的一举一动，她更时常和一神秘人作电邮通信，他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。